Да, будет.
Однако, это вариант, когда отсеянные почтовым сервером письма попадают в конкретный ящик (подходит для небольшого офиса). Если же необходимо, чтобы письма попадали каждому пользователю отдельно, то воспользуйтесь таким вариантом:
SP_check_transport:
driver = appendfile
maildir_format = true
directory = /var/exim/$domain/$local_part/SPAM