Я, обычно, собираю Exim так, чтобы он логи писал через syslog. Поэтому логи пишутся в /var/log/maillog. Не обратил внимание в предыдущем посте, что лог выводился из /var/log/exim/mainlog.
Теперь по сути... Идентификатор письма один и тот же в обеих случаях. Да и время совпадает. Точно это письмо? Потому что роутер должен быть SP_check_router, а транспорт - SP_check_transport.
Выборка из лога:
Dec 24 18:07:34 relay exim[88917]: 2011-12-24 18:07:34 +0700 1RePRu-000N87-OH => katya <katya@cyts.com.ua> R=SP_check_router T=SP_check_transport
Посмотрел еще документацию. Попробуйте в SP_check_transport добавить опцию create_directory.
SP_check_transport:
driver = appendfile
maildir_format = true
create_directory
directory = /mail/univ.kiev.ua/$local_part/Maildir/Spam